Pierwotnie gra miała ukazać się na jednym kartridżu, jednak poprzez ograniczenia pojemności zdecydowano się na podzielenie jej na dwie części Sonic 3 oraz Sonic & Knuckles. Na uwagę zasługuję kartridż drugiej gry. Otóż na jego górze znajduje się wejście na kartridż co umożliwia wpięcie w niego jedną z 3 częsci gry:
W owej grze możliwe było o wcielienie się w Tailsa, Sonica, lub Knucklesa od początku historii w Sonic 3. Dodatkowo możliwy był zapis swojego postępu gry na jednym z kilku slotów. Wersja ta wprowadza nową formę: Hyper. Aby ją zdobyć należy zdobyć 7 Szmaragdów chaosu i dojść do kapmani z Sonic & Knuckles. Następnie odkrywamy nową lokację i jesteśmy w stanie zdobyć 7 Super Szmaragdów (podczas ich zdobywania tracimy możliwość grania formą super). Zebranie 7 szmaragdów lub super szmaragdów odblokowuje sekretną walkę.