Gra została wydana w czerwcu 2001 roku jednocześnie w Japonii, Europie i USA w celu uczczenia dziesiątych urodzin głównego bohatera gry. Jest drugą odsłoną z serii Adventure wydanej na segę dreamcast.
Na stacji kosmicznej ARK doktor Gerald wraz z Dark Doomem tworzy Shadowa ostateczną formę życia. Ma być kluczem do nieśmiertelności
oraz pomóc w znalezieniu lekarstwa dla swojej chorej córki Marii. Shadow i Maria szybko się zaprzyjaźniają z spędzają za sobą dużą ilość czasu.
Pewnego dnia wojsko atakuje stację w celu porwania Shadowa. Podczas Doktor i Jeż uciekają a Maria ginie z rąk żołnierzy. Gerald wściekły na ludzi
planuje ucicestwić ludzkość, w tym celu przekonuje Shadowa i staje on po stronie Doktora. Ostatecznie Shadow zostaje złapany i spędza w niewoli 50 lat.
Dark
Doktor Eggman odnalazł pamiętnik swojego dziadka, Profesora Geralda Robotnika. Eggman dowiedział się, że jego dziadek pracował 50 lat temu nad ściśle tajną wojskową bronią,
która obecnie trzymana jest na Prison Island. Eggman wykorzystał swojego Egg Walkera i zaatakował wyspę. W wojskowej bazie znalazł konsolę, która wymagała
wprowadzenia hasła i Szmaragdu Chaosu. Doktor znał hasło, które brzmiało MARIA. Po wprowadzeniu szmaragdu otworzyła się kapsuła, z której wyszedł czarny jeż.
Shadow wzamian za uwolnienie podejmuje współprace z doktorem w celu zniszczenia ludzkości
Hero
Sonic zostaje aresztowany przez siły wojska, znane jako GUN. Niebieski jeż był przewożony na pokładzie helikoptera. Udało mu się jednak uciec i wykorzystać fragment
pojazdu jako snowboard. Sonic uciekał przez miasto przed wojskiem. Wtedy Sonic dostrzegł stojącego na zgliszczach maszyny tajemniczego, czarnego jeża. Sonic domyślił się,
że ten dziwny jeż jest jego podróbą i musiał go wrobić w różne przestępstwa. Sonic próbował zaatakować jeża, ale
ten wydawał się zbyt szybki. Sonic zauważył jednak, że jego rywal korzysta ze Szmaragdu Chaosu do teleportowania się. Czarny jeż przedstawił się jako Shadow. Powiedział
że nie ma czasu dla Sonica i wykonał Kontrolę Chaosu, teleportując się daleko poza pol widzenia jeża. Sonic został wkrótce otoczony przez wojsko i aresztowany ponownie.
W jego ucieczce pomaga mu Tails i postanawiają razem dorwać tajemniczego jeża.
Rozgrywka została podzielona na trzy etapy: